Table 4 Positive selection sites of high credibility on the PCGs of Triplophysa identified by codeml in PAML and HyPhy, and the amino acid properties changes identified by TreeSAAP

1

10

ND1

—

0.999**

0.0127

—

pK’

1

2

111

ND1

—

1.000**

—

—

pK’

1

3

159

ND1

—

0.974*

—

—

pK’

1

4

161

ND1

—

0.966*

—

—

pK’

1

5

173

ND1

0.567

—

—

—

pK’; R_a;

2

6

85

ND2

0.998**

—

—

—

pK’; α_m

2

7

152

ND2

0.994**

—

—

—

pK’; α_c; R_α

3

8

206

ND2

0.94

—

—

—

P_α; pK’;

2

9

228

ND2

0.903

—

—

—

P_α; pK’;

2

10

241

ND2

—

0.982*

—

—

P_α; P_β; B_r;pK’; R_a; H_t

6

11

318

ND2

1.000**

—

—

P_α; pK’; pH_i; α_m; R_α

5

12

29

ATP6

—

0.949

—

—

pK’

1

13

195

ATP6

—

0.999**

—

—

pK’

1

14

87

ND3

0.933

—

—

—

P_α;pK’; α_c;

3

15

91

ND4

0.672

—

—

—

P_α; c; pK’; α_m

4

16

189

ND4

0.644

—

—

—

pK’; α_c;

2

17

194

ND4

0.574

—

—

—

pK’; α_c;

2

18

388

ND4

0.672

—

—

—

pK’

1

19

2

ND5

—

0.863

—

0.01

c; pK’; h; R_α

4

20

33

ND5

0.980*

—

—

—

P_α; pH_i; α_c; α_m

4

21

35

ND5

0.936

—

—

—

P_α; pK’; pH_i; α_c; α_m

5

22

39

ND5

—

0.991**

—

—

P_α; pK’; pH_i; α_c; α_m

5

23

120

ND5

0.844

—

—

—

P_α; pK’; α_c;

3

24

275

ND5

0.718

—

—

—

pK’; α_c

2

25

277

ND5

0.861

—

—

—

pK’; α_c

2

26

506

ND5

—

0.519

—

0.04

P_α; B_r; pK’; α_c; R_α

5

27

521

ND5

0.923

—

—

—

P_α; pK’; Mv; α_c; R_α; H_p

6

28

523

ND5

0.794

—

—

—

P_α; pK’; R_α; H_p

4

29

119

ND6

0.777

—

—

—

pK’

1

30

306

CYTB

—

0.986*

—

0.02

P_β; pK’; F; R_α; H_t

5

31

360

CYTB

—

0.999**

0.009

0.00

pK’; H_p

2